作为恋爱冒险游戏，作品以叙事为主，带有比较紧张的战斗情节。作品首次采取1024×640的宽屏画面，以加强游戏的表现效果，务求使玩家感觉犹如观赏电影，游戏全程没有分支选项。游戏的全年龄对象版本在2009年9月18日发行；此外，追加本作的十八禁补丁（特典）的“eden* PLUS+MOSAIC”也同时发行。

——Eden* They were only two,on the planet

——那是地球最后的恋爱故事。遥远未来的故事。突然出现在火星附近的被后世称为「破灭之星」的巨大的能量堆积体。在能量堆积体的影响下，地球开始发生气候异常和地壳变动。以此为契机各地勃发战争与恐怖主义行为，世界受到了破灭性的打击。地球逐渐荒芜，距离灭亡的时间甚至不足百年。为了避免死亡，各国政要提出：将实施两个计划来挽救人类。第一，建立“地球统一政府”。第二，实施“Felix计划”。他们以完成地球脱出为最优先目标，打出了牺牲小我完成大我的方针。强制性整顿人才。以军事镇压妨碍世界政府设立的国家与团体。此外，以压倒性的武力镇压由于人种、宗教、食物、能源产生的所有问题。他们通过制造出能使计划的实现成为可能的超人类解决了本不可能在一百年内实现的这个计划――实施了基因改良、获得了高超智能与几乎长生不老的肉体的新人类「Felix」。其后99年的时光流逝——有一个作为地球脱出计划的中心成员活跃的Felix的少女。将作为人类的一切献给了研究，结束了工作的她留在空无一人的地球，渴望着平稳地度过余生。然后，还有一个统一军派遣到她身边的青年。他的工作是守护少女，以及，拘束她的自由。故事开始于2人的邂逅。燃尽了一切的星球与少女之间的小小的故事。

——我想我应该做的事都已经做完了，即使我不在了，“地球脱出计划”也能够完成了。然而我的生命还有剩下的，还有那么一点点……——还要用那些剩下的时间去做些什么？——我想要在这颗星球上再走一遍。即使这个世界即将毁灭，我也会在这颗星球上等待终结之时的到来The end of days has begun.——诗音的心想要去向何方？它被遗失在什么地方了呢？大概诗音自己都不清楚吧。就算知道，也没有风能够让她飞起来吧……既然如此，如果没有风吹过来的话，那我就……

703研究所所在的小岛位于远海孤岛的统一军移民船开发的研究所。本是Felix之父真行寺博士的住所，贵族趣味的博士为了追求自己生活空间的优雅而建造的洋馆。博士亡故之后置于统一军的管理下，现成为以诗音为中心的移民船开发的中枢部门。另外，诗音的存在是最高机密，考虑到安全问题对外只以移民船引擎开发部门的一个研究所登记（即使在统一军内部除了一部分士官以外紫菀的位置也是机密情报）。除了位于小岛中央的洋馆，西部还有直升机与车辆的机库、弹药设施与训练设施。东部存在着通信设施兼雷达设施。

整个『eden*』的故事大致可以根据舞台的转移而分为“孤岛篇”与“故乡篇”两个部分。在孤岛篇的开场，完成了多年以来的战斗任务，部队解散战友也各奔东西的主人公榛名亮，本以为自己会在某个士官训练学校消磨自己在地球最后的日子。但一纸任命却彻底改变了他对自己人生未来的估计。一座根本就无人知晓的孤岛，一个极度机密的任务。负责来接他赴任的是说话俏皮的美女军官拉维准尉，她对亮显得兴趣十足。当亮走进这个孤岛的研究所时，他感觉这里倒更像一座维多利亚时期的豪宅。莱维准尉也在着陆后像风一般消失不见，引领亮去见司令官的是一位名叫艾莉卡自称工作是女仆的年轻女性，不知为什么她也对亮充满了兴趣，亮同时也在艾莉卡的笑容中感到一种似曾相识的亲切感与怀念。孤岛研究所的最高军事长官稻叶直人少佐，对亮来说既熟悉又陌生，因为七年前正是稻叶带走了夏目姐姐，让少年时期的亮第一次知道了自己的无力。但当时稻叶似乎并不是那么愿意执行这项任务，他在临走时给了亮一张自己的名片——“你想再见到姐姐吗？那就去加入山下的统一军的部队，这是唯一的办法了！”——亮至今仍记得稻叶少佐当时因无奈而愤怒的表情，但他始终不理解少佐那股愤怒从何而来，就像他不能理解优秀又有背景的稻叶七年来竟只从中尉升到少佐。末了，亮这才想起来询问任务的详细，稻叶少佐神秘的说：“这里曾经是太空船研发的中枢，也就是说‘她’在这里。”对于亮来说，守卫诗音的日子比起过去的戎马生涯实在太稀松平常。这项在拉维口中“无比光荣的任务”，多数时候就是亮与拉维两人一班的守候在诗音房间的门外，有时艾莉卡还会邀请他们喝她泡的红茶；偶尔稻叶少佐会光顾亮的房间丢下一个信封，里面有要被清除者的资料。平和的日子里，亮感觉到自己曾经的锋芒正在消去，同时心中的某个角落里有什么东西正逐渐醒来，而这一切都和不断接近自己的艾莉卡有关。

守护与未来最强的FELIX，拯救人类的女神——诗音。她从不抛头露面，只活在人们的口耳传诵与崇敬中。在孤岛服役十年以上的士兵也未必能机会一睹诗音的真容，但真实的情况又是如何呢？一个百年来被禁锢在无名孤岛的少女，为了全人类的出路而被夺取了毕生的自由。如今地球脱出计划已近圆满，而诗音的生命也所剩无几，已有人在算计着她最后的价值。幸而有艾莉卡与稻叶少佐的相助，以及亮的决心。诗音希望在行将毁灭的地球上度过自己生命最后时光的愿望，终能得以实现。怀着艾莉卡的嘱托与稻叶少佐的激励，同时也不想再重蹈曾经失去姐姐的覆辙，亮牵起诗音的手回到了故乡的那个山中小屋。在曾经和姐姐度过最美好时光之地，亮与诗音开始了如世外桃源般的隐居生活。平静的日子一天一天过去，亮专心于保护与照料诗音生活，诗音也在这如诗如画般的田园生活中享受着从未有过的人生乐趣。这时，一个意外的访客冒失地闯入了他们的生活。这个闯入者就是名叫塔野真夜的女记者。她狂热着迷于诗音并一直不停追踪着关于诗音的一切。她的到来，在亮与诗音看似平静如水的生活中激起了阵阵涟漪。首先，她是如何找到这个隐密的山中小屋的呢？顺着亮的这个疑问，真夜带来了外面世界的新消息 ：帮助亮与诗音逃离孤岛的稻叶少佐已被军事法庭处以极刑，从容就义 ；在出逃时与亮做殊死一搏最后还是选择放手的拉维晋升少尉，领导秘密搜捕寻找诗音的部队。但她并没有采取任何有效的行动，她把稻叶少佐生前告诉她的关于亮与诗音可能的行踪告诉了真夜。同时真夜的到来也让一直沉浸在 自己理想生活中的诗音看清了一个现实：自己百年的生命已来日无多，而亮与真夜一样还有很长的人生要走，陪着自己留在即将毁灭的地球上的他，已注定不再会有任何未来。意识到自己是束缚了亮的累赘的诗音决意让亮和真夜一起搭乘最后的太空船离开。“我不想你死去！”“我为了所有人而活到现在，但如今，我只求你一个人，我只希望亮你能活下来！”在诗音的眼泪面前，亮回顾自己与诗音一起走过的日子是那么地平静与美好，也许自己真的已经完成了对过去的赎罪，也许自己真该实现诗音最后的愿望，选择未来……但，这样就真的好吗？迷茫时刻仍然是艾莉卡在梦中点醒了亮——你们真的就没有遗漏一点自己真实的思绪吗？你们真的已经完全看清所有了吗？用自己的全部真心去面对诗音吧 ！那孩子也会以自己的全部来回应你的！

不是什么同情，也不是对过去的弥补，更不是什么彼此寻找替代。亮与诗音只是纯粹的强烈地想要在一起，因为他们彼此是如此地珍惜对方，如此地了解对方，如此地爱着对方。就如真夜所说，她又那样地喜欢着亮与诗音间那默契、协调又自然的联系，就像万物需要空气一样。——终于，真夜带着满满的关于诗音的笔记独自离开了。当最后的太空船升空，偌大的地球成了两人的世界，临近黄昏的乐园里，最后一段爱情徐徐落下帷幕。没有过去，也不会有将来，他们只在这一刻相爱。夕阳下，小小的少女带着微笑在恋人身边睡去。青年则带着他们永恒的回忆，将二人的时间继续延续下去——

晚安，诗音………おやすみ、诗音Good night.，sion。